Своё название этот московский район получил от двух деревень: Выхино и Жулебино. Судя по данным топонимики, возникновение Жулебина относится к концу XV в. Своё название оно получило от представителя одного из московских боярских родов — Андрея Тимофеевича Остеева. В памяти современников он остался как хитрый и пронырливый человек и при жизни получил весьма характерное прозвище «Жулеба» (хитрец). В летописи он упоминается под 1472 г. как боярин и посол к магистру Ливонского ордена. Он стал основателем фамилии Жулебиных. Его сын Иван Андреевич Жулебин был одним из видных лиц в Москве начала XVI в., а внук Иван Иванович Жулебин в первую половину царствования Ивана IV имел второй по значению после боярина чин окольничего.
Что же касается Выхина, то первые сведения о нём восходят к XVII в., когда здесь фиксируется деревня Стафурино, Цыхино тож, входившая в состав кусковской вотчины Шереметевых. В середине XVII в. часть их владений с центром в Вешнякове досталась внуку Фёдора Ивановича Шереметева — князю Якову Никитичу Одоевскому. Среди них были и деревни Выхино и Жулебино. Позднее ими владеют князья Черкасские, однако в 1743 г. Варвара Алексеевна Черкасская выходит замуж за владельца Кускова Петра Борисовича Шереметева. В качестве приданого тот получает Вешняково с деревнями, и с тех пор на протяжении многих лет судьбы Выхина и Жулебина были неразрывно связаны с Кусковом.
При этом, в отличие от Кускова, ставшего центром усадебной жизни, Выхино стало сосредоточением хозяйственной жизни имения. В середине XIX в. в нём значилось 120 дворов, где были зафиксированы 671 душа мужского пола и 710 женского. В располагавшемся неподалёку Жулебине в это время насчитывалось всего 30 дворов. В 1861 г. Выхино становится центром Выхинской волости Московского уезда. В деревне расположились волостное правление, церковноприходская школа, отмечена часовня.
После прокладки неподалёку от этих мест Рязанского направления железной дороги начинается заметный рост численности населения. По данным 1884 г., в Выхине имелось 155 дворов, в которых проживали 215 мужчин и 530 женщин. Подобное несоответствие в пропорциях между полами показывает, что примерно половина выхинских мужчин постоянно работала в это время в Москве. В отличие от Выхина, Жулебино почти не было затронуто этой тенденцией. В 1884 г. в нём в 57 дворах проживали 163 мужчины и 177 женщин. Близость Выхина к Кузьминкам привела к тому, что в конце XIX в. здесь активно начинает развиваться дачный промысел, и многие здешние крестьяне стали сдавать свои избы под дачи.
После революции 1917 г. Выхинская волость была переименована в Ухтомскую, в честь погибшего в этих местах А.В. Ухтомского (1876—1905), активного участника декабрьского восстания 1905 г. в Москве. При новом районировании в 1929 г. создаётся Ухтомский район с центром в Люберцах, куда вошли Выхино и Жулебино.
В начале 1930-х годов в Выхине организуется колхоз имени Ленина, которым несколько десятилетий руководил Герой Социалистического Труда И. С. Морозов. Основными его направлениями являлись овощеводство и животноводство. Близость к очистным сооружениям города привела к тому, что с 1937 г. колхоз использовал метод полива сточными водами Москвы. В Жулебино существовал колхоз «Имени 3-й пятилетки», крупнейший в Люберецком районе, специализировавшийся на тепличном и парниковом хозяйстве. Для обогрева теплиц и парников использовалось отбросное тепло московского нефтеперерабатывающего завода в Капотне.
В 1960 г. после строительства Окружной автодороги Выхино вошло в состав города, и с середины 1960-х годов здесь начинается жилищное строительство. Что же касается Жулебина, то оно было включено в черту столицы лишь в середине 1980-х годов.
